Todo transcurre 2 años después de la catástrofe que provocó el Meteorito en Midgar. La gente, tras regresar a los restos de la ciudad, comienza a trabajar en su reconstrucción, incluso se ha levantado un monumento en recuerdo a las victimas, situado en la plaza central de la ciudad.

Desgraciadamente, la fortuna no está aliada con ellos, y comienzan a sufrir el denominado Geostigma, generado por la elevada exposición a la Corriente Vital, y capaz de causar la muerte con el paso del tiempo. Los síntomas de la enfermedad hacen brotar extrañas cicatrices y dolores esporádicos a su portador.

Cloud se encuentra desde entonces trabajando en una compañía de mensajería ("Strife Delivery Service"), y haciéndose cargo de los niños que quedaron huérfanos, muchos de ellos están gravemente enfermos a causa del Geostigma. La aparente calma no tarda en quebrarse, cuando Cloud recibe una extraña llamada de alguien solicitando auxilio, afirma estar siendo atacado por un grupo sospechoso de vándalos, entre ellos destaca Kadaj, el líder indiscutible, y a sus órdenes se encuentran sus secuaces Loz y Yazoo. El objetivo del grupo, al parecer es el de encontrar a su "Madre". Cloud se ve obligado a reaccionar, cuando los huérfanos que están bajo su tutela, son secuestrados por la banda de Kadaj. Por si esto fuera poco, los Turcos Reno y Ruda aparecen en escena, dirigidos al parecer, por un hombre misterioso, que mantiene su rostro en secreto bajo un manto blanco.

La sombra de una nueva batalla comienza a crecer sobre la tierra, y los recuerdos de la última batalla perduran todavía en la mente de los ciudadanos. Sin embargo Cloud no se enfrentará sólo a sus enemigos, ya que sus viejos amigos han vuelto para darle de nuevo el apoyo que una vez tuvo frente a Sephiroth... y quien sabe, quizás vuelvan a verse las caras de nuevo...